Tháng giêng năm Thuận Trị thứ 16 (1659), Vĩnh Lịch đế chạy đến Vĩnh Xương, tể tướng nhà Nam Minh là Văn An Chi soái liên quân theo đường thủy tập kích Trùng Khánh, Đàm Văn bị Đàm Nghệ giết chết. Mọi người đều bất bình, Đàm Nghệ sợ, bèn cùng Đàm Hoành hàng Thanh.

Năm Khang Hi đầu tiên (1662), quân đội Nam Minh với chủ lực là quân nông dân Đại Tây thất bại. Tháng 9 cùng năm, nhà Thanh tập trung binh lực, 3 lộ vây đánh Quỳ Đông thập tam gia. Đông nam lộ có 3 vạn quân do Hồ Quảng đề đốc Đổng Học Lễ thống lãnh, Tây bắc lộ có 3 vạn quân do Thiểm Tây đề đốc Vương Nhất Chánh thống lãnh, Tây lộ do Tứ Xuyên tổng đốc Lý Quốc Anh thống lãnh.

Ngày 3 tháng 1 năm thứ 2 (1663), Lý Quốc Anh soái quân vượt Đại Ninh Hà (nay là phía đông Vu Khê, Tứ Xuyên), Viên Tông Đệ bị bức rời bỏ Đại Xương, rút vào Trà Viên Bình trong núi sâu. Giữ Đại Ninh (nay là Vu Khê) là Hạ Đạo Ninh đưa nghĩa quân ra hàng. Quân Thanh thừa cơ tấn công Trà Viên Bình, nghĩa quân thương vong hơn 2000 người, Viên Tông Đệ đưa tàn quân chuyển đến tây bộ Hồ Bắc cùng Hác Vĩnh Trung hội họp. Trong lúc này, Đổng Học Lễ đánh chiếm thông đạo của Trường Giang là Hương Khê Khẩu (nay là phía tây Tỷ Quy, Hồ Bắc). Thượng tuần tháng giêng, Vương Nhất Chính soái quân tấn công Hác Vĩnh Trung, chiếm lãnh Trúc Sơn, Trúc Khê. Tháng 2, Hác Vĩnh Trung thua liền 2 trận ở Xích Thổ Pha, Đặng Xuyên Dục thuộc huyện Phòng, vào tháng 6 phải chạy vào Ngô Gia Viên Tử thuộc khu vực biên giới Tứ Xuyên – Hồ Bắc cùng Lưu Thể Thuần hội họp.

Lưu Thể Thuần, Hác Vĩnh Trung liên hiệp với Lý Lai Hanh phản kích quân Thanh. Ngày 23 tháng 7, Lý, Lưu, Hác tập kích đánh bại Đổng Học Lễ ở huyện Hưng Sơn, Học Lễ đưa tàn quân chạy về Di Lăng (nay là Nghi Xương, Hồ Bắc). Lý, Lưu, Hác thừa thắng đi thuyền lên phía tây, tấn công Lý Quốc Anh. Ngày 25 tháng 8, bọn Lý Lai Hanh soái quân làm thang mây, đào địa đạo, tấn công thành Vu Sơn, mấy ngày chưa hạ được. Sáng sớm ngày 7 tháng 9, Lý Quốc Anh ra thành phản kích, nghĩa quân đại bại, thương vong hơn 7000 người, hôm sau phải rút lui.

Mùa thu năm ấy, nhà Thanh lại phái thêm Bát Kỳ Mãn Châu tham chiến, mệnh cho Tây An tướng quân Phó Khách Thiện đưa quân trú phòng từ Thiểm vào Xuyên; lấy Mục Lý Mã làm Tĩnh tây tướng quân, Đồ Hải làm Định tây tướng quân thống lãnh 1 vạn tinh binh ở Kinh sư đi Hồ Quảng. Hạ tuần tháng 12, Lưu Thể Thuần tại Trần Gia Pha thuộc huyện Ba Đông liên tiếp thất bại, treo cổ tự sát. Tiếp đó, Hác Vĩnh Trung, Viên Tông Đệ trong lúc tác chiến tại Hoàng Thảo Bình bị bắt giết.

Mùa đông, Vương Quang Hưng, Mã Đằng Vân, Đảng Thủ Tố, "Tháp thiên bảo" nối nhau hàng Thanh. Lý Lai Hanh bị 20 vạn quân Thanh vây chặt ở Mao Lộc Sơn, giằng co mấy tháng, lương thảo cạn dần, vào mùa hạ năm thứ 3 (1664) hai lần đột vây không thành công. Đầu tháng 8, Lý Lai Hanh không chịu hàng, họp cả nhà lại tự thiêu, phần lớn bộ hạ bị giết.